1.选题
学科负责教师把毕业论文题目公布给学生，学生根据教师所出题目选题（鼓励学生自己确定题目），到校外做论文的学生填写《南开大学本科生到校外做毕业设计（论文）登记表》，所填写的表格交学院教学办公室保存，在第七学期第11周完成选题。
学院教学办公室将上交的学生选题汇总表按学科进行汇总，交学科负责人确认，同时核实指导教师信息（到外单位做论文的学生必须选一位本学院相关专业指导教师）。
2.开题报告和题目审批表
1）在第七学期17-18周（1月初），以学科为单位组织全部保研学生做示范性开题报告，填写学院统一的《物理科学学院本科论文开题报告》和《南开大学本科毕业论文（设计）题目审批表》，经指导教师签署意见后交给各专业负责同学，统一上交至学院办公室。
2）在第八学期的第1-3周，以学科为单位全部非保研学生提交开题报告，填写学院统一的《物理科学学院本科论文开题报告》和《南开大学本科毕业论文（设计）题目审批表》，经指导教师签署意见后交给各专业负责同学，统一上交至学院办公室。
3.中期检查
指导教师应按学校要求对学生进行定期指导，同时对学生毕业论文完成进度、质量、出勤等情况进行检查，及时解决检查中发现的问题，如实填写《南开大学本科毕业论文（设计）中期检查表》。在第八学期5-6周（3月下旬），提交《南开大学毕业论文（设计）中期检查表》，经指导教师签署意见后交给各专业负责同学，统一上交至学院办公室。在论文写作和进行设计过程中需对论文题目进行修改的，需填写《南开大学本科毕业论文（设计）题目变更表》，并上交至学院办公室。
4.论文格式审查及查重：
第八学期10-11周（4月30日前）提交论文电子版给指导教师，由指导教师进行论文内容和格式的审查。合格后于5月6日前发给各专业负责同学，由各专业负责同学统一发给学院教务老师（nkwuli2019@163.com）进行查重工作。文字复制比达到20%及以上的，查重结果首先交由指导教师复核认定，有异议的需填写《南开大学本科毕业论文（设计）查重结果认定表》并提交相关证据材料。查重结果和指导教师复核认定材料交学院学术委员会进行最终认定。经认定：1，存在严重学术不端行为的，取消答辩资格，毕业论文（设计）成绩以0分计。2，存在中度学术不端行为的，责成指导教师督促学生整改，整改后需进行二次查重。3，存在轻度学术不端行为的，责成指导教师督促学生整改，于答辩前进行二次查重。4，不存在学术不端行为的，直接参加答辩。第二次查重的文字复制比低于20%的，可参加毕业论文答辩，第二次查重的文字复制比仍达到20%及以上的，则取消答辩资格，毕业论文（设计）成绩以0分计。凡进行二次查重的，通过答辩后，成绩应在80分以下。
第13周（5月15日前）全体学生上交纸质版论文（无需装订，用夹子固定即可），由学院论文检查小组进行格式审查，审查合格者进行答辩；不合格者责令修改，答辩前交各学科负责教师再次进行格式审查，审查合格者进行答辩，不合格者不准予答辩，毕业论文（设计）成绩以0分计。
5.论文答辩：
第八学期13-15周（5月31日前）所有具有答辩资格的学生完成论文答辩工作，将论文最终电子版发给各专业负责同学，各专业负责同学收集齐后发给学院教务老师（nkwuli2019@163.com）,并将装订好的毕业论文（一份）交到学院办公室。
6.评优阶段：
第八学期第16周，进入校级优秀毕业论文公开答辩评选阶段。
